การวิเคราะห์ลำดับเบสในบริเวณ intergenic spacer 1 ของเชื้อ pythium insidiosum

Abstract

Pythium insidiosum จัดอยู่ใน Kingdom Straminipila, Phylum Oomycota, Order Peronosporales และ Family Pythiaceae เป็น aquatic fungus-like (มีลักษณะคล้ายเชื้อรา) อาศัยอยู่ในบริเวณน้ำนิ่ง เชื้อ P. insidiosum เป็นเพียงสปีซีส์เดียวที่สามารถก่อโรคในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม รวมถึงคน และเป็นสาเหตุของโรค pythiosis ปัจจุบันพบรายงานผู้ป่วย pythiosis มากขึ้นการวินิจฉัยโรคที่รวดเร็วและแม่นยำจึงเป็นสิ่งที่จำเป็น ในการศึกษานี้ได้ทำการวิเคราะห์บริเวณ Intergenic spacer 1 (IGS-1) gene ตั้งอยู่ระหว่าง 28S rDNA และ 5S rDNA subunit ซึ่งเป็นบริเวณที่มีความซ้ำกัน และมีความหลากหลายในลำดับเบส ลำดับเบสบริเวณนี้สามารถใช้ในการจัดจำแนกเชื้อได้ถึงในระดับสปีซีส์ ในการศึกษานี้ได้ทำศึกษาเชื้อ P. insidiosum สายพันธุ์ในประเทศไทย 10 สายพันธุ์, เชื้อ Pythium 1 สายพันธุ์จากสิ่งแวดล้อมซึ่งได้จากน้ำในเขื่อนป่าสักชลสิทธิ์ จ.ลพบุรีและเชื้อที่ก่อโรคในพืช 1 สายพันธุ์ คือ เชื้อ P. graminicola โดยเชื้อทั้งหมดได้พิสูจน์และยืนยันจากการศึกษาลักษณะมหสัณฐาน, จุลสัญฐาน และ การสร้าง zoospore ในการศึกษานี้ได้ทำการศึกษาลำดับเบสในส่วน rRNA gene ตั้งแต่ 28S ถึง 5S ซึ่งครอบคลุมลำดับเบสบริเวณ IGS-1 ผลที่ได้ พบว่าลำดับเบสในส่วนอนุรักษ์ 28S และ 5S มีความยาวประมาณ 2,500 คู่เบส และ 5S คู่เบสตามลำดับ ในเชื้อ P. insidiosum 10 สายพันธุ์จากผู้ป่วย pythiosis, เชื้อ Pythium ที่แยกได้จากเขื่อนป่าสักชลสิทธิ์ และ เชื้อ Pythium ที่ก่อโรคในพืช คือ P. graminicola ส่วนบริเวณ IGS-1 นั้นมีความยาวของลำดับเบสประมาณ 1,400-1,500 คู่เบส ในเชื้อ P. insidiosum 10 สายพันธุ์จากผู้ป่วย pythiosis และเชื้อ Pythium ที่แยกได้จากเขื่อนป่าสักชลสิทธ์ ส่วนเชื้อ P. graminicola มีความยาวประมาณ 1,000 คู่เบส และนำข้อมูลลำดับเบสบริเวณ IGS-1 มาวิเคราะห์ Phylogenetic tree ด้วยโปรแกรม Mega 3.1 พบว่าสามารถจัดจำแนกกลุ่มเชื้อ P. insidiosum ได้ออกเป็น 3 กลุ่ม คือ กลุ่ม 1 ประกอบด้วย M17, PyCU3, PyCU7 และ 1 สายพันธุ์ ซึ่งแยกได้จากน้ำในเขื่อนป่าสัก คือ PyCU8, กลุ่ม 2 ประกอบด้วย PyCU1, PyCU2, และ PyCU5 และกลุ่ม 3 ประกอบด้วย PyCU6, MMC45P21-2, PyCU4 และ MMC44P21-1 ซึ่งเห็นได้ว่าเชื้อ P. insidiosum ในกลุ่ม 1 เป็นเชื้อที่มาจากผู้ป่วยทางภาคกลาง ภาคเหนือ และภาคอีสาน, กลุ่ม 2 เป็นเชื้อที่มาจากผู้ป่วยทางภาคกลางของประเทศไทย และกลุ่ม 3 จากผู้ป่วยทางภาคเหนือของประเทศไทย