การคัดแยกและหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1

ทิพวรรณ ล้อรัตนไชยยงค์

Please use this identifier to cite or link to this item: https://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/65391

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	กอบชัย ภัทรกุลวณิชย์	-
dc.contributor.author	ทิพวรรณ ล้อรัตนไชยยงค์	-
dc.contributor.other	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. คณะวิทยาศาสตร์	-
dc.date.accessioned	2020-04-19T14:17:02Z	-
dc.date.available	2020-04-19T14:17:02Z	-
dc.date.issued	2545	-
dc.identifier.isbn	9741709129	-
dc.identifier.uri	http://cuir.car.chula.ac.th/handle/123456789/65391	-
dc.description	วิทยานิพนธ์ (วท.ม.)--จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2545	en_US
dc.description.abstract	ได้คัดแยกและหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนที่เกี่ยวข้องกับวิถีการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนจากสายพันธุ์กลาย Rhizobium sp. สายพันธุ E11 ที่เกิดจากการสอดแทรกโดยทรานสโปซอน Tn5 และมีความบกพร่องโนการย่อยสลายอะซีแนพธิลีน จากการติดตามชิ้นทรานลโปซอน Tn5 ด้วยเทคนิคเซาท์ เธอร์นไฮบริไดเซชันโดยใช้ชิ้นส่วนของทรานสโปชอน Tn5 เป็นดีเอ็นเอติดตาม สามารถทำการคัดแยกและโคลนชิ้นดีเอ็นเอที่ให้สัญญาณจากการไฮบริไดซ์โด้ จากการหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของดีเอ็นเอข้างเคียงทรานสโปซอนโดยใช้โอสิโกนิวคลีโอไทด์ไพร์เมอร์ที่จำเพาะกับบริเวณปลายของ ทรานสโปซอน Tn5 เมื่อทำการเปรียบเทียบลำดับกรดอะมิโนที่แปลรหัสมาจากลำดับนิวคลีโอไทด์ขนาด 1,014 bp ที่ได้กับลำดับกรดอะมิโนใน GenBank พบว่าทรานสโปซอนเข้าแทรกยังยีนที่ประมวลรหัสเป็นกรดอะมิโนที่มีความเหมือนกับไฮดราเทส-อัลโดเลสของ Burkholderia sp. สายพันธุ์ RP007 จากนั้นนำบางส่วนของชิ้นดีเอ็นเอข้างเคียงทรานสโปซอนขนาด 430 bp ที่ได้จากปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสมาสร้างเป็นดีเอ็นเอติดตามเพื่อตรวจหาชิ้นดีเอ็นเอที่ต้องการในสายพันธุ์ดั้งเดิม CU-A1 พบว่าสามารถโคลนชิ้นดีเอ็นเอ BamHI-Hindlll ขนาด 4.5 kb ที่ให้สัญญาณกับดีเอ็นเอติดตามเข้ายังพลาสมิด pGEM-3Zf(+/-) และดั้งชื่อพลาสมิดนี้ว่า pWT จากการหาลำดับนิวคลีโอไทด์บนชิ้นดีเอ็นเอขนาด 4.5 kb นี้พบกรอบอ่านรหัสเปิด (ORF) ทั้งหมด 5 กรอบ ซึ่งมีทิศทางการถอดรหัสไปทางเดียวกัน เรียงตามลำดับดังนี้ ORF1 เป็นกรอบอ่านรหัสเปิดที่ไม่สมบูรณ์ มีลำดับกรดอะมิโนทีมความเหมือน 33% กับ putative ferredoxin reductase ของ Rhizobium leguminosarum bv. viciae ORF2 (acnE) มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 38% กับไฮดราเทส-อัล โดเลสของ Burkholderia sp. สายพันธุ์ RP007 ORF3 (acnK) มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 46% กับ 2-คาร์บอกซีเบนซัลดีไฮโดรจีเนส ของ Nocardioides sp. สายพันธุ์ KP7 ORF4 อยู่ในกรอบอ่านรหัสเปิดที่ต่างจาก ORF1-3 และ 5 มีลำดับกรดอะมิโนที่มีความเหมือน 38% กับโปรตีนที่คล้ายกับแอดดูซิน (adducin like protein) ของ Mesorhizobium loti ORF5 เป็นกรอบอ่านรหัสเปิดที่ไม่สมบูรณ์ มีลำดับกรดอะมิโนทีมีความเหมือน 43% กับ short-chain dehydrogenase ของ Pseudomonas aeruginosa สายพันธุ์ PA01 การศึกษานี้เป็นรายงานแรกที่ได้กล่าวถึงยีนที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1 คือ ยีน acnE และยีน acnK	-
dc.description.abstractalternative	Genes involving acenaphthylene degradation from a transposon Tn5-inserted Rhizobium sp. mutant strain E11 defective in acenaphthylene degradation were isolated and sequenced. Southern hybridization with transposon Tn5 probe was performed, DNA fragment with positive signal was isolated and cloned. The nucleotide sequence adjacent to transposon was sequenced by using oligonucleotide primer specific to outside end of Tn5. Comparison of amino acid sequence deduced from 1,014 bp nucleotide sequence with those เท GenBank revealed that Tn5 was inserted into the gene encoding for amino acid sequence with homology to that of hydratase-aldolase from Burkholderia sp. RP007. The fragment of 430 bp adjacent to transposon was generated by PCR and employed as DNA-probe for detecting the positive DNA fragment from wildtype CU-A1. The 4.5 kb BamHI-Hindlll-positive fragment was cloned into pGEM-3Zf(+/-) and designated as pWT. Nucleotide sequence thereof revealed fragment with 4.5 kb in size containing 5 Open Reading Frames (ORFs) in the same orientation. ORF1 is an incomplete ORF with 33% homology in term of the respective amino acid sequence to that of the putative ferredoxin reductase of Rhizobium leguminosarum bv. viciae; ORF2 (acnE) shows 38% amino acid sequence homology to that of hydratase-aldolase of Burkholderia sp. RP007; ORF3 (acnK) shows 46% amino acid sequence homology to 2-carboxybenzaldehyde dehydrogenase of Nocardioides sp. KP7; ORF4 is in the different reading frame to that of ORF1-3 and 5 by showing 38% amino acid sequence homology to adducin like protein of Mesorhizobium loti; ORF5 is an incomplete ORF showing 43% homology of amino acid sequence to short-chain dehydrogenase of Pseudomonas aeruginosa PA01. The present study is the first to report genes, acnE and acnK, which involve in the degradation of acenaphthylene in Rhizobium sp. CU-A1.	-
dc.language.iso	th	en_US
dc.publisher	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US
dc.rights	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US
dc.subject	อะซีแนพธิลีน	en_US
dc.subject	ลำดับนิวคลีโอไทด์	en_US
dc.subject	ไรโซเบียม	en_US
dc.subject	ยีน	en_US
dc.subject	Nucleotide sequence	en_US
dc.subject	Rhizobium	en_US
dc.subject	Genes	en_US
dc.title	การคัดแยกและหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายอะซีแนพธิลีนใน Rhizobium sp. สายพันธุ์ CU-A1	en_US
dc.title.alternative	Isolation and sequencing of acenaphthylene degradative gene in Rhizobium sp. CU-A1	en_US
dc.type	Thesis	en_US
dc.degree.name	วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต	en_US
dc.degree.level	ปริญญาโท	en_US
dc.degree.discipline	จุลชีววิทยา	en_US
dc.degree.grantor	จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย	en_US
dc.email.advisor	[email protected]	-
Appears in Collections:	Sci - Theses

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
Tippawan_lo_front_p.pdf	หน้าปก บทคัดย่อและสารบัญ	812.1 kB	Adobe PDF	View/Open
Tippawan_lo_ch1_p.pdf	บทที่ 1	666.35 kB	Adobe PDF	View/Open
Tippawan_lo_ch2_p.pdf	บทที่ 2	1.3 MB	Adobe PDF	View/Open
Tippawan_lo_ch3_p.pdf	บทที่ 3	1.39 MB	Adobe PDF	View/Open
Tippawan_lo_ch4_p.pdf	บทที่ 4	1.43 MB	Adobe PDF	View/Open
Tippawan_lo_ch5_p.pdf	บทที่ 5	861.55 kB	Adobe PDF	View/Open
Tippawan_lo_back_p.pdf	รายการอ้างอิง และภาคผนวก	1.09 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record